三桠苦原归属于芸香科、吴茱萸属，拉丁学名Evodia lepta (Spreng.) Merr.，《中国植物志》中文版采用这种分类方法。1981年Hartley根据三桠苦果实和种子的特征建议将其归属到蜜茱萸属。2008年出版的英文版的《中国植物志》中，将原吴茱萸属中的植物经重新整理后分别归属到四数花属和蜜茱萸属中，其中三桠苦归属于蜜茱萸属，学名改为Melicope pteleifolia (Champ. ex Benth.) T. G. Hartley。